System Protect kan beskytte tilpassede filer og mapper, samt systemfiler i Windows. Som standard alle filer og mapper som er nødvendige for å kjøre operativsystemet er beskyttet av sikkerhetsprogrammet. Beskyttet i dette tilfellet betyr at det å slette og endre beskyttede filer nektes for brukeren. Denne innstillingen kan endres i programmets alternativer slik at systemendringer på brukeren ber om noe som er for eksempel nyttig under systemoppdateringer.

Et tilgangs nektet vindu dukker opp når brukeren eller systemet prøver å slette eller endre et beskyttet systemfil. Dette popup melding kan fjernes i alternativene også.

I tillegg til å beskytte viktige systemfiler System Protect kan også beskytte tilpassede filer og mapper som er valgt av brukeren. Dette gjøres ved å legge til disse filene og mappene til kategorien Custom Protection i programmet innstillinger.

Informasjon om filer og mapper som er beskyttet blir lagret i en database som blir jevnlig oppdatert bare som virusdefinisjonsfilen av et antivirusprogram. Det er en god måte å holde tritt med systemendringer initiert av Microsoft og andre programvareleverandører.

System Protect er kompatibel med Windows XP 32-bit og 64-bits utgaver, samt Windows Vista 32-bits utgaver.